Die überregionale Bedeutung der eisenzeitlichen Sammlung spiegelt sich in der Finanzierung und der Betriebsführungsstruktur des Hauses. Das Keltenmuseum Hallein wird jeweils zur Hälfte von der Stadt Hallein und dem Land Salzburg subventioniert. Mit dem am 1. Jänner 2012 in Kraft getretenen Betriebsführungs- und Kooperationsvertrag mit der Salzburg Museum GmbH wurde neben einer verstärkten internationalen Ausrichtung des Museums auch ein weiterer inhaltlicher Schwerpunkt im Keltenmuseum Hallein angestrebt. Als Ergänzung  zur existierenden Präsentation des eisenzeitlichen Dürrnberges wird seit 2014 im Erdgeschoss die Urgeschichte des Landes Salzburg präsentiert. Auch die Präsentation der berühmten Schnabelkanne im Keltenmuseum Hallein ermöglichte die Betriebsführungsvereinbarung. Die Betriebsführungsvereinbarung wurde 2021 um weitere 2 Jahre verlängert.